Organi Agencije biće Savjet, koji čine predsjednik i dva člana, kao i direktor.
Vlada Crne Gore donijela je 31. decembra 2025. godine odluku o osnivanju Agencije za željeznice, čijim početkom rada, 7. januara 2026. godine, prestaje da postoji Uprava za željeznice. Odluka je usvojena bez održavanja sjednice Vlade, putem pribavljenih saglasnosti većine ministara.
Kako je objavljeno na sajtu Vlade, Agencija za željeznice biće osnovana kao pravno lice koje obavlja poslove od javnog interesa u oblasti željezničkog saobraćaja, sa sjedištem u Podgorici. Njene nadležnosti biće definisane zakonom, ovom odlukom i Statutom Agencije.
Organi Agencije biće Savjet, koji čine predsjednik i dva člana, kao i direktor. Do imenovanja direktora, Agenciju će zastupati predsjednik Savjeta, a svi članovi Savjeta funkciju će obavljati profesionalno.
Danom početka rada Agencije, nova institucija preuzeće sve poslove, predmete, dokumentaciju, imovinu i druga prava i obaveze dosadašnje Uprave za željeznice.
Radnje vezane za upis Agencije u Centralni registar privrednih subjekata i početak njenog rada, u ime osnivača, sprovešće Ministarstvo saobraćaja. Odluka stupa na snagu danom objavljivanja u Službenom listu, a primjenjivaće se od 7. januara 2026. godine.