Zoran Vukojević je otet pa ubijen 3. juna 2006. godine u Beogradu nakon što je odbio zaštitu od policije kao svjedok-saradnik u istrazi protiv "zemunskog klana".
Zoran Vukojević, svjedok-saradnik na suđenju za ubistvo premijera Srbije Zorana Đinđića, 3. juna 2006. otet je, mučen, iskasapljen, a potom zapaljen. Telo je nađeno nedaleko od beogradskog aerodroma, pored autoputa, a patolozi su tada rekli da je tijelo bilo toliko unakaženo da to dugo nisu vidjeli
Prebijan, sječen noževima i tako izmasakriran, a još živ, umotan u celofan, zapaljen je i bačen u raku iskopanu pedesetak metara od mjesta na kom je nađen u šumi. Tako zapaljen i izmasakriran puzao je još nekih pedeset metara prije nego što je izdahnuo.
Ubice su ga navodno mučile da bi priznao gdje su zakopani milioni od otmica koje su vršili članovi "zemunskog klana", tako da se pretpostavljalo da su ga oni ubili. Već u novembru 2006. kada je uhapšen Aleksandar Simović ispostavilo se da je to tačno jer je policija tada podnela krivičnu prijavu protiv njega za to ubistvo. Naime, DNK-a analizom utvrđeno da su njegovi otisci nađeni na lisicama kojima je tokom mučenja bio vezan Vukojević.
U trenutku ubistva Zorana Vukojevića od članova Zemunskog klana u bjekstvu su braća Aleksandar i Miloš Simović, Milan Jurišić, Sretko Kalinić, Ninoslav Konstantinović i Vladimir Milisavljević Budala. Svi sa ovog spiska se sada nalaze iza rešetaka ili su mrtvi.
Načinom na koji je ubijen Vukojević poslato je nekoliko poruka. Spaljivanje automobila kojim je izvršena otmica, u garaži kod Arene, je prva poruka i simbolika - tu smo i radimo neometano kao i ranije. Vukojevića su očigledno htjeli živog da bi ga mučili, inače bi ga ubili još u dvorištu da su htjeli samo likvidaciju. To mučenje je druga poruka svim "izdajnicima", odnosno svjedocima-saradnicima, da će svako biti mučen i da oni nemaju nikakav problem da to odrade. Treća simbolika i poruka je iskopana rupa kao za Ivana Stambolića.
U junu 2006. suđenje za ubistvo premijera Srbije Zorana Đinđića i dalje je bilo u toku. Optužnica se između ostalog oslanjala i na iskaze tri svjedoka saradnika, Ljubiše Buhe Čumeta, bivšeg šefa Surčinskog klana I članova Zemunskog klana Zorana Vukojevića i Miladina Suvajdžića zvanog Đura Mutavi.
Ubistvo svjedoka saradnika tri godine posle ubistva Đinđića bila je i poruka sistemu da klan i dalje funkcioniše i ubija. Dan posle ubistva svjedoka-saradnika ministar policije Dragan Jočić i ministar pravde Zoran Stojković tvdili su da je problem što sud odugovlači s procesom i da u suprotnom svjedok ne bi bio ubijen. Tadašnji direktor BIA Rade Bulatović nije se oglašavao povodom ubistva svjedoka-saradnika, ali je istog dana pisao tekst u Poltici o Svetskom prvenstvu u fudbalu.
Zoran Vukojević je do 2000. bio profesionalni policajac, radio je u SUP-u Zemun. Dušana Spasojevića, čiji je bio kum, poznaje od 1995. i od tada se druže. 2000. počinje da radi kao njegov šef obezbjeđenja u Šilerovoj ulici u Zemunu. Vukojević je policiji prvi iskaz dao u akciji Sablja. Posle toga postaje svjedok-saradnik i sve što je rekao policiji ponovio je na glavnom pretresu i u suočavanju sa optuženima.
On je na glavnom pretresu, koji je bio zatvoren za javnost, rekao da je grupa Dušana Spasojevića radila za Državnu bezbjednost od 1998. i da su se s Radomirom Markovićem tada dogovorili da mogu da rade šta hoće i koga treba da ubiju po gradu. "Koliko ja znam, oko 30 ubistava su izvršili oni po gradu i time su se javno hvalili", rekao je Vukojević.
On je svjedočio o ulozi Milorada Bracanovića, koji je na mjesto direktora Bezbjedonosno-informativne agencije postavljen posle pobune Jedinice za specijalne operacije, a koji je odavao podatke. Vukojević je svjedočio o tome da je JSO obezbjeđivao Spasojevića, a da ih je on finansirao, ali i o tome da su Milorad Ulemek i Dušan Spasojević odlučili da ubiju Zorana Đinđića. Zoran Vukojevic bio je svjedok koji je u svom iskazu govorio i o tome koji su političari i pripadnici vojne službe imali konakte sa Zemunskim klanom.
Na glavnom pretresu ponovio je cijeli iskaz i pred optuženima i u suočavanju s njima. Pošto na glavnom pretresu advokati i članovi veća postavljaju pitanja, Vukojević je iznjeo i nove informacije u odgovorima na postavljena pitanja. Tako je na glavnom pretresu, sa kog je javnost bila isključena, rekao da su general Aco Tomić i šef BIA Rade Bulatović u Šilerovu dostavljali informacije o tome da se planira izručenje Legije Hagu. Podsetimo, to je zvanično bio razlog da JSO krene u pobunu 2001. godine.
"Bilo bi zanimljivo kada bi mediji objavili stenograme sa suđenja Zoranu Vukojeviću Vuku koji je, kao bivši policajac, bio spoljni kontakt zemunskom klanu i koga su kasnije surovo ubili. Voljeo bih da se cijelo njegovo svjedočenje objavi, mnogima bi bilo jasnije šta se dešavalo", rekao je 2019. godine tadašnji potpredsjednik Đinđićeve vlade Žarko Korać u razgovoru za "Talas".
Na početku suđenja za ubistvo Vukojevića Aleksandar Simović je negirao da je za vrijeme bjekstva ubio Vukojevića, tvrdeći da je za to čuo iz medija. U stanu u kojem je uhapšen Simović pronađeni su revolver "Smit i Veson", automatska puška sa municijom, ručna bomba, kao i municija za magnum 357 kojim je izvršeno ubistvo Vukojevića.
"Nisam ubio Vukojevića. Nek je prokleto sve što mi je drago ako sam nekog ubio. Ovdje se vjeruje kvazi svjedoku, davljeniku (Sretku Kaliniću), koji želi da sve povuče sa sobom, koji mrzi mene, mog brata (Miloša Simovića) i moju porodicu", rekao je na suđenju tada Aleksandar Simović. Međutim, Apelacioni sud u Beogradu potvrdio je 2014. godine presudu Specijalnog suda kojom je pripadnik Zemunskog klana Aleksandar Simović osuđen na dvadeset godina zatvora zbog brutalnog ubistva svjedoka saradnika Zorana Vukojevića - Vuka.