Pozadina ubistva premijera Zorana Đinđića ni do danas nije potpuno rasvijetljena mada su direktni počinioci privedeni pravdi.
Iako preovladava teorija da ga je ubila mafija sve je više činjenica koje ukazuju na to da je ubijen zbog otvorenog protivljenja otcjepljenju KiM i želje da preduzme konkretne korake da se u pokrajini zaštite srpski interesi. Time je navodno sebi potpisao smrtnu presudu, piše Republika.
Ovakva teza proističe iz pisma koje je Đinđić 1. februara 2003. godine, mjesec dana pred atentat, poslao tadašnjem komandantu NATO za jugoistočnu Evropu admiralu Gregoriju Džonsonu. U njemu Đinđić navodi da je zabrinut zbog mogućnosti da Unmiku povjeri neke poslove obezbjeđenja lokalnim albanskim vlastima i zahtijeva da se dozvoli povratak srpske vojske na KiM odnosno dolazak bar 1.000 vojnika na koliko je Srbija imala pravo po Kumanovskom sporazumu. Time bi, kako je Đinđić napisao, bio popunjen bezbjednosni vakuum. Mjesec dana kasnije je ubijen.
Mile Isakov, jedan od tadašnjih potpredsjednika vlade, saglasan je da je bar donekle ubijen zbog KiM.
- Velike sile su znale šta mu se sprema, ali su okrenule glavu zbog toga što im se suprotstavio oko KiM i što je insistirao na svojim idejama i planovima koji su suprotstavljeni njihovim. Ne znam za to pismo, ali se to poklapa s onim što nam je iznio na kolegijumu po povratku iz Njemačke. Njegovi prijatelji tamo su mu rekli da vrijeme ne radi za nas kad je KiM u pitanju i da moramo nešto učiniti sami. Iznio je plan da se prvo vojska vrati po Kumanovskom sporazumu, da onda tražimo nešto drugo, što će sve oni, naravno, odbiti, ali bi mi onda mogli da tražimo da sjeverni dio ostane u Srbiji, a tamo gdje su većinski Albanci da se odvaja. Ja mislim da je njima to bio prst u oko. Ne mislim baš da su naručili ubistvo, međutim, nemoguće je da nisu znali, samo su zažmurili i dozvolili da se to dogodi - smatra Isakov.
Da se Đinđić usprotivio prikrivenim planovima za nezavisnost KiM govori i jedan od njegovih poslednjih intervjua za medije Republike Srpske, takođe u februaru 2003. godine, tokom posjete Banjaluci. U njemu navodi da je od svjetskih centara zamoljen da ne talasa po pitanju KiM, a i da je odgovorio da i on ima svoje prioritete poput njih.
Ističe i da Srbija jeste prihvatila Rezoluciju 1244, ali da je vrag odnio šalu i da međunarodna zajednica suprotno dogovoru sve više ingerencija prenosi na lokalne strukture te da se iza paravana stvara država i poručio da tako ne može.
Novinar i analitičar Đuro Bilbija kaže da Đinđićevo ubistvo definitivno nije razjašnjeno kako treba i da ostaju mnoga otvorena pitanja i nejasnoće. Precizira da negdje sve jeste povezano s velikom politikom i odnosom spoljnih faktora prema srpskoj unutrašnjoj situaciji.
- On je zaista negdje u drugoj polovini 2002. napravio ozbiljan državnički zaokret u svojoj politici prema granicama i suverenitetu Srbije, što se najviše ticalo KiM. Potom je pisao pisma predsjednicima SAD, Francuske i premijeru Engleske Toniju Bleru, gdje je najavio promjenu kursa Srbije prema rješavanju problema KiM. Želio je da se rješenje tog problema ubrza jer je bio uvjeren da bi razvlačenje Srbiji oslabilo poziciju. Čak je otišao u posjetu Banjaluci kojoj su se protivili Amerikanci. Naime, tadašnji ambasador Montgomeri mu je sugerisao da ne ide. Iako je imao gips, on je otišao. Potom se i desilo ono kada je njegova kolona presječena, a kasnije se ispostavilo da je to bio pokušaj atentata - zaključuje Bilbija.