Zoran Đinđić venčao se sa Ružicom 1990. godine kada su postali roditelji Jovane, a onda su 1993. dobili drugo dete, sina Luku.
Nakon smrti Zorana Đinđića iza njega su ostala deca, Jovana i Luka, koje je dobio u braku sa Ružicom Đinđić. Danas su oboje mladi uspešni ljudi - Jovana ima 32 godine i zaposlena je pri Vladi Srbije, a Luka ima 29 godina. Završio je Fakultet političkih nauka. Pričalo se da ima političkih afiniteta, kao i da bi se mogao naći u ulozi narodnog poslanika, ali do toga još uvek nije došlo.
Jovana Đinđić je od oca nasledila govorničke veštine i političke afinitete a danas je zaposlena pri Vladi Srbije. Đinđićeva ćerka angažovana je kao koordinatorka, a u njenoj biografiji navodi se da je diplomirala 2013. na Fakultetu za medije i komunikacije Univerziteta "Singidunum“, na smeru Komunikologija. Master studije iz oblasti socijalne kognicije završila je na koledžu u Londonu. Od 2016. stažirala je u Timu za socijalno uključivanje i smanjenje siromaštva, a od juna 2017. godine, Jovana Đinđić je koordinator za rodnu ravnopravnost i ljudska prava.
Za Luku kolege i profesori sa fakulteta kažu da je uvek nasmejan, a kao trogodišnjak bio je jedan od junaka čuvenih studentskih demonstracija u zimu 1996/1997. godine. Njegova slika na očevim ramenima na čelu demonstranata ispred kojih je bio postavljen transparent “Beograd je svet” - obišla je našu planetu.
.
Ružica Đinđić otkrila je jednom prilikom kako je došlo do njihovog prvog susreta:
"Upoznali smo se na tribini na kojoj je predstavljena njegova knjiga Jugoslavija kao nedovršena država. U njegovim očima prepoznala sam moralno čistunstvo, koje je namerno, da ga slučajno ne razotkriju, prikrivao naglašenom samouverenošću, arogancijom, oštrinom i učenošću. Bio je čist kao suza, pa je zato i morao da se brani raznim odbrambenim mehanizmima, da ga ne provale u ovom okrutnom i pokvarenom svetu. Čistunci, altruisti, humanisti su stalno na udaru, jer provociraju nečiju nečistu savest. Zato drugi pošto-poto hoće da ih isprljaju, i spuste na svoju meru. Sami za sebe, najbolje znaju ko su i kakvi su. I Zoran je to shvatao, prisiljen da svoju nevinost brani pomalo odglumljenim cinizmom", rekla je ona.
Venčali su i 1990. godine postali roditelji Jovane, a onda su 1993. dobili drugo dete, sina Luku. Nakon ubistva Zorana Đinđića, Ružca je ovako pričala:
"Ostali smo zauvek sami, nas troje, a svi ti velevažni prijatelji su se razbežali, i ubuduće su nam prilazili samo kao nejasne senke, u međuvremenu i sami postajući javne medijske pojave. Uz vest o njegovoj smrti i oni su konačno postali neko i nešto. Što su oni bivali sve važniji i važniji, moja tuga i bol su u istoj meri rasli. A ja sam deci morala da objasnim važnost našeg kraja"